La gesta ante los `Galácticos´
El nuevo siglo llegó, y con él un jarro de agua fría pese a quedar en 4º puesto en liga durante la temporada 1999/2000. La plaza permitía al Real Zaragoza saborear una edición de Champions League, pero los diversos estamentos organizadores de la competición decidieron relegar al club a Copa de la UEFA en detrimento del Real Madrid, vigente campeón y que había quedado por detrás en la tabla, infringiendo una profunda decepción entre los jugadores y aficionados zaragocistas.
Aquel equipo entrenado por Txetxu Rojo aunó grandes mimbres internacionales, como los hispanos Jémez, Marcos Vales o Juanele, teniendo a su vez como punta de lanza al serbio Savo Milošević, anotando 21 goles en 37 encuentros ligueros, deslumbrando a su vez en la Euro del 2000. Su buen cartel le supuso su pase al Parma italiano, siendo la venta más cara de la historia del Real Zaragoza.
Pese al revés, la rasmia zaragocista se impuso y logró recuperar la senda de los éxitos en la 2000/01 con la consecución de la 5ª Copa del Rey, consiguiendo así la clasificación para disputar competiciones europeas en la temporada siguiente. Entrenados por Luis Costa, El Real Zaragoza saltó al césped de La Cartuja de Sevilla para imponerse tres a uno al Celta de Vigo entrenado entonces por Víctor Fernández. Los goles fueron marcados por Aguado, Jamelli y Yordi.
Tras sufrir un descenso y el consiguiente regreso a la élite a la temporada siguiente, el Real Zaragoza afrontó una de sus temporadas más gloriosas en lo que va de siglo, alzándose el 17 de marzo de 2004 con la 6ª Copa de S. M. el Rey tras derrotar al Real Madrid por dos a tres en el Estadio Olímpico de Montjuïc.
Los tantos fueron marcados por Dani, David Villa y Luciano Galletti, este último en la prórroga. Como campeones de Copa, se ganó el derecho a disputar la Supercopa de España contra el Campeón de Liga.
El 24 de agosto de 2004, el conjunto blanquillo encadenaba un doblete de títulos con la Supercopa de España al vencer al Valencia en Mestalla por uno a tres, remontando el resultado adverso del partido de ida por cero a uno celebrado el 21 de agosto en La Romareda.
El inicio de siglo pudo haberse redondeado de manera excepcional con otra Copa del Rey el día 12 de abril de 2006 en el estadio Santiago Bernabéu, llegando a la final tras eliminar a Atlético de Madrid, FC Barcelona y Real Madrid, cerrando una ida espectacular ante estos últimos con un seis a uno con cuatro goles de Diego Milito y dos de Ewerthon. Solo el RCD Espanyol pudo imponerse a los aragoneses en la final.
